Temps partiel thérapeutique fonction publique : quels sont vos droits ?
Par Thomas, fondateur d’ID Entreprises

Les infos à retenir
- Le temps partiel thérapeutique permet de reprendre progressivement son activité avec le traitement indiciaire maintenu en totalité malgré un temps de travail réduit
- La durée maximum est de 1 an, de façon continue ou discontinue ; les droits se reconstituent après une année d’activité à temps plein
- La demande s’adresse à l’administration employeur avec un certificat médical ; l’administration peut faire examiner l’agent par un médecin agréé
- Le dispositif peut suivre un congé de maladie ou être accordé sans arrêt préalable, dans les trois versants : FPE, FPT et FPH
Le temps partiel thérapeutique représente une solution précieuse pour les agents de la fonction publique confrontés à des problèmes de santé. Cette mesure permet de reprendre progressivement son activité professionnelle tout en bénéficiant d’un accompagnement médical adapté !
Qu’est-ce que le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique ?
Le temps partiel thérapeutique constitue un dispositif de reprise du travail aménagé. Il peut suivre un congé de maladie ou être accordé sans arrêt préalable, et permet à l’agent de travailler à temps réduit tout en conservant son traitement.

Ce dispositif se distingue du mi-temps thérapeutique classique. Dans la fonction publique, il existe trois versants : la fonction publique d’État (FPE), la fonction publique territoriale (FPT) et la fonction publique hospitalière (FPH). Les règles varient selon le statut de l’agent.
Le temps partiel thérapeutique permet une reprise progressive du travail après un arrêt maladie, avec maintien du salaire complet pendant une période déterminée.
Comment bénéficier d’un mi-temps thérapeutique dans la fonction publique ?
Pour accéder à ce dispositif, l’agent adresse une demande à son administration employeur, avec un certificat médical qui indique la quotité souhaitée, la durée et les conditions d’exercice. Un arrêt de travail préalable n’est pas obligatoire.
L’administration peut faire examiner l’agent par un médecin agréé, dès la demande ou à tout moment pendant la période. L’agent ou l’administration peut contester ses conclusions devant le conseil médical. Le médecin du travail est informé des demandes et des autorisations.
Les documents nécessaires
Le dossier comprend la demande d’autorisation et un certificat médical détaillé. Le renouvellement suit la même procédure.
Quotité, organisation et délais de décision
Le temps partiel thérapeutique se fait à 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 % d’un temps plein, sans pouvoir descendre sous le mi-temps. Le certificat médical précise aussi comment l’exercer : de façon continue ou discontinue, avec des journées ou des demi-journées non travaillées, ou avec une réduction du temps de travail chaque jour.
L’administration doit décider vite. Quand la demande fait suite à un congé de longue maladie, à un congé de longue durée, à un congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) ou à une disponibilité pour raison de santé, la décision intervient au plus tard le jour de la reprise. Dans les autres cas, elle intervient dans les 30 jours suivant la réception de la demande. L’agent peut ensuite demander à modifier la quotité ou à mettre fin plus tôt à son temps partiel, avec un certificat médical, et un changement d’employeur n’interrompt pas l’autorisation (service-public.fr).
Quelle est la durée maximum du mi-temps thérapeutique ?
La durée maximum du mi-temps thérapeutique dans la fonction publique varie selon les situations. L’autorisation est accordée pour un an au maximum, de façon continue ou discontinue.
Dans les trois versants, la durée totale ne peut excéder un an. Les droits se reconstituent après une année d’activité à temps plein : seules les périodes d’activité ou de détachement comptent.
| Versant | Texte de référence | Durée maximale |
|---|---|---|
| Fonction publique d’État | Décret n° 86-442, articles 23-1 à 23-14 | 1 an, continu ou discontinu |
| Fonction publique territoriale | Décret n° 87-602, articles 13-1 à 13-13 | 1 an, continu ou discontinu |
| Fonction publique hospitalière | Décret n° 88-386, articles 13-1 à 13-14 | 1 an, continu ou discontinu |
Refus, interruption et contrôle médical
Un refus de première demande ou de renouvellement, comme une interruption en cours de route, doit être motivé. Si l’administration invoque les nécessités de service, elle organise un entretien préalable, et l’agent peut s’y faire assister par la personne de son choix. Si le motif est médical, elle doit d’abord recueillir l’avis d’un médecin agréé.
Ce médecin agréé figure sur une liste établie par le préfet, sur proposition de l’agence régionale de santé et après avis du conseil départemental de l’ordre des médecins. L’agent comme l’administration peuvent contester ses conclusions devant le conseil médical en formation restreinte. Refuser de se soumettre à l’examen entraîne l’interruption de l’autorisation, et une absence injustifiée à l’examen initial vaut renonciation à la demande (service-public.fr).
Quels sont les avantages et inconvénients du mi-temps thérapeutique ?
Les avantages du dispositif
Le principal avantage réside dans le maintien de la rémunération complète. L’agent perçoit 100% de son traitement indiciaire malgré un temps de travail réduit. Cette situation permet une transition en douceur vers la reprise d’activité normale.

Les congés annuels et les RTT sont les mêmes que pour tout agent à temps partiel. Les heures supplémentaires sont interdites.
- Conservation intégrale du salaire pendant la période
- Maintien des droits sociaux et de la protection sociale
- Accompagnement médical régulier et suivi personnalisé
- Aménagement du poste adapté aux capacités de l’agent
- Réduction des risques de rechute ou d’aggravation
Les inconvénients à considérer
Parmi les inconvénients, on note d’abord la durée limitée du dispositif. Après un an, l’agent reprend à temps plein ou envisage d’autres solutions comme un temps partiel ordinaire, avec une rémunération proportionnelle, ou une procédure d’inaptitude. Les droits se reconstituent après une année d’activité à temps plein.
L’aménagement du poste peut parfois s’avérer complexe selon les services. Certaines fonctions ne se prêtent pas facilement à une organisation à temps réduit. La charge de travail doit être réellement adaptée, ce qui nécessite une coordination entre l’employeur, l’agent et le médecin !
La durée maximum du temps partiel thérapeutique est d’un an dans la fonction publique, continue ou discontinue.
Quelle rémunération pendant le temps partiel thérapeutique ?
La rémunération constitue un élément essentiel du dispositif. L’agent de la fonction publique conserve l’intégralité de son traitement, comme s’il travaillait à temps plein. Cette règle s’applique pendant toute la durée autorisée du temps partiel thérapeutique.
Sont maintenus en totalité le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement, la NBI et le complément de traitement indiciaire. Selon service-public.gouv.fr, les primes et indemnités sont elles aussi maintenues en totalité pendant la période ; le détail du régime indemnitaire dépend de votre employeur, à confirmer auprès de votre service RH.
Le calcul des indemnités
Pour un fonctionnaire, c’est l’administration qui verse la rémunération. Les agents contractuels de droit public relèvent de règles adaptées à leur régime de sécurité sociale : renseignez-vous auprès de votre employeur.
Temps partiel thérapeutique et arrêt maladie : quelles différences ?
Le temps partiel thérapeutique se différencie de l’arrêt maladie ordinaire. Pendant un arrêt maladie, l’agent ne travaille pas du tout. Le temps partiel thérapeutique implique une reprise partielle avec présence effective sur le poste.
Le temps partiel thérapeutique maintient le traitement indiciaire en totalité et peut être accordé sans arrêt préalable, ce qui le distingue d’un arrêt maladie ordinaire.
Les démarches pour prolonger son temps partiel thérapeutique
La prolongation nécessite une nouvelle évaluation médicale. Le renouvellement suit la même procédure que la demande initiale : l’agent adresse à l’administration une nouvelle demande, avec un certificat médical qui justifie de poursuivre l’aménagement.

L’autorité administrative examine ensuite la demande de renouvellement. Elle peut accorder une prolongation dans la limite de la durée maximum autorisée. Chaque renouvellement fait l’objet d’un examen attentif des conditions médicales et organisationnelles.
Les conditions de renouvellement
L’état de santé de l’agent doit justifier la poursuite du dispositif, et l’administration peut le faire examiner par un médecin agréé.
Les textes à consulter selon votre versant
Chaque versant a son propre décret : le décret n° 86-442 pour l’État (articles 23-1 à 23-14), le décret n° 87-602 pour la territoriale (articles 13-1 à 13-13) et le décret n° 88-386 pour l’hospitalière (articles 13-1 à 13-14). La fonction publique hospitalière dispose en plus d’une note d’information de la DGOS sur l’octroi et le renouvellement.
Le dispositif est ouvert aux fonctionnaires comme aux agents contractuels de droit public, selon des règles adaptées à leur régime de sécurité sociale. Le portail de la fonction publique signale aussi le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026, relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics, publié au Journal officiel du 31 juillet 2026. Il ne détaille pas ce que ce texte change pour le temps partiel thérapeutique : lisez la version à jour des articles de votre versant avant de déposer une demande (fonction-publique.gouv.fr).
Les alternatives au temps partiel thérapeutique
Plusieurs alternatives existent selon les situations. Le temps partiel de droit permet de réduire durablement son temps de travail, mais avec une rémunération proportionnelle. Le reclassement professionnel peut être envisagé si l’état de santé ne permet plus d’exercer les fonctions initiales.
La disponibilité pour raison de santé constitue une autre option. Elle suspend temporairement le contrat de travail sans rémunération. Enfin, la retraite pour invalidité peut être sollicitée si l’incapacité devient permanente. Chaque solution répond à des besoins spécifiques selon l’évolution de la situation médicale.
Questions fréquentes sur le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique
Qui valide le temps partiel thérapeutique dans la fonction publique ?
Le temps partiel thérapeutique est autorisé par l’administration employeur, sur demande de l’agent accompagnée d’un certificat médical. L’administration peut faire examiner l’agent par un médecin agréé, et ses conclusions peuvent être contestées devant le conseil médical en formation restreinte.
Peut-on refuser un temps partiel thérapeutique ?
Oui, l’agent peut refuser un temps partiel thérapeutique proposé par son médecin. C’est un dispositif facultatif qui nécessite l’accord de l’agent. L’administration peut refuser la demande ou y mettre fin, mais son refus doit être motivé. Pour un motif lié aux nécessités de service, un entretien préalable est obligatoire ; pour un motif médical, l’avis préalable d’un médecin agréé est requis.
Le temps partiel thérapeutique compte-t-il pour la retraite ?
Les pages officielles consultées (service-public.fr, fonction-publique.gouv.fr) ne détaillent pas les effets du temps partiel thérapeutique sur la retraite. Interrogez votre gestionnaire de retraite avant de décider.
Que se passe-t-il après 12 mois de temps partiel thérapeutique ?
Après la durée maximale d’un an, les droits se reconstituent après une année d’activité à temps plein. Si l’état de santé ne permet pas la reprise complète, d’autres solutions existent, comme un temps partiel avec rémunération proportionnelle. Une procédure de reclassement professionnel ou d’inaptitude peut également être engagée selon la situation médicale.
Quel pourcentage de temps peut-on travailler en temps partiel thérapeutique ?
La quotité est indiquée dans le certificat médical : 50 %, 60 %, 70 %, 80 % ou 90 % d’un temps plein, jamais moins que le mi-temps.


